Menanggapi kebutuhan peningkatan kualifikasi akademik dosen-dosen Teologi maupun praktisi-praktisi dalam bidang Teologi dan Pendidikan Agama Kristen, maka pada tanggal 1 Januari 2015 STT Intheos Surakarta secara resmi membuka program Doktor Teologi.
Program Doktor Teologi STT Intheos Surakarta dibuka dengan 2 (dua) konsentrasi studi, yaitu: Konsentrasi Teologi Kependetaan dan Konsentrasi Pendidikan Agama Kristen (PAK).
Perkuliahan dilaksanakan dengan system kuliah padat (block teaching). Setiap mata kuliah ditempuh dalam lima hari pertemuan tatap muka setiap hari Senin-Jumat, pukul 16.00 - 22.00 WIB.